ФНС России письмом http://www.nalog.ru/prav_act/3835826/ разъясняет, что нужно для применения пониженной ставки НДС при реализации лекарственных средств.

Реализация аптечными организациями лекарственных средств, в том числе фармацевтических субстанций, облагается НДС по ставке 10%.

Основанием для ее применения является наличие регистрационного удостоверения на конкретные наименования лекарственных средств, выданного в установленном порядке, а при реализации на территории РФ лекарственных средств внутриаптечного изготовления, следует  применять   ставку налога на добавленную стоимость   в размере 10% на основании наличия рецепта на лекарственные препараты или требования медицинской организации.